« La mission d’un chercheur est de poser des questions restées sans réponse. Il arrive qu’on soit la seule personne au monde à détenir une réponse, et il s’agit d’un sentiment extraordinaire. »David Cook a toujours su qu’il deviendrait une vedette. Toutefois, il ne savait pas encore que ce serait à titre de chercheur qui répondrait à de grandes questions à l’aide de mégadonnées.
« Quand j’étais jeune, j’étais passionné par la musique et je voulais en faire une carrière », raconte M. Cook. « À l’école secondaire, je n’ai pas suivi les cours menant à l’université. Or, mon groupe n’a pas connu le succès espéré, alors j’ai dû trouver une autre voie. »
Pendant quelques années, il a donc travaillé comme ingénieur du son dans un studio d’enregistrement d’Ottawa, où il était aussi instructeur de musique dans le cadre de camps pour les jeunes. Par la suite, M. Cook a décidé de se tourner vers les soins infirmiers, et il s’est inscrit à un programme d’études secondaires pour adultes afin de pouvoir s’inscrire à l’université.
Pendant ses études de premier cycle à l’Université d’Ottawa, M. Cook s’est découvert une passion pour les sciences. Une présentation de Barbara Vanderhyden, Ph.D., sur la physiologie reproductive a capté son attention. À la fin de l’exposé, il lui a demandé comment en apprendre plus sur le sujet. Elle lui a alors conseillé d’effectuer un projet de recherche à son laboratoire de recherche sur le cancer de l’ovaire à L’Hôpital d’Ottawa. Voilà ce qui a mené David Cook à effectuer une maîtrise et un doctorat au laboratoire de Mme Vanderhyden.
« Dès que j’ai mis les pieds dans le laboratoire, je n’ai plus jamais regardé en arrière, dit-il. La mission d’un chercheur est de poser des questions restées sans réponse. Il arrive qu’on soit la seule personne au monde à détenir une réponse, et il s’agit d’un sentiment extraordinaire. »
Durant sa maîtrise, M. Cook a étudié le processus qui détermine le sort des cellules souches, soit de rester des cellules souches ou de devenir d’autres cellules. Sa thèse de doctorat portait sur le processus permettant aux cellules cancéreuses d’échapper au système immunitaire et aux immunothérapies contre le cancer. Chercheur très prolifique, il a publié 16 manuscrits au cours des trois dernières années.
Au cours de sa maîtrise, M. Cook a découvert la bio-informatique, qui consiste à utiliser les données recueillies dans le cadre d’expériences pour bâtir des modèles informatiques de systèmes biologiques.
« Il s’agissait d’un nouvel outil à ajouter à ma trousse à outils de chercheur. De nouveaux outils permettent de poser de nouvelles questions », affirme-t-il.
Personne dans son laboratoire n’avait utilisé ces méthodes auparavant, alors M. Cook a décidé d’apprendre par lui-même. « C’était peut-être le millénial en moi – je me suis dit que la réponse serait dans Internet. »
Il a démarré avec un ensemble de données stocké sur le disque dur du laboratoire, et ce fut concluant. Pendant sa maîtrise et son doctorat, M. Cook a continué d’apprendre et d’appliquer les méthodes de la bio-informatique à ses projets. Il s’est alors imposé comme le spécialiste interne de ces techniques, et des chercheurs de tout l’Hôpital l’ont sollicité comme instructeur et collaborateur.
« David a été le premier à utiliser ces méthodes à L’Hôpital d’Ottawa, affirme Mme Vanderhyden. Il était déterminé à axer sa maîtrise et son doctorat sur ce type de données, et il ne manquait pas une occasion de partager son expertise au sein de l’Hôpital et de la communauté universitaire. »
M. Cook a aussi mis au point une nouvelle méthode de calcul pour le séquençage de l’ARN d’une cellule unique, un outil qui permet de distinguer les gènes qui s’activent et se désactivent dans une cellule unique. Il a trouvé une façon de dépouiller 960 échantillons pour le prix de 10. Alors que d’autres chercheurs avaient déjà proposé la technique, son article publié dans la revue Nature Communications a été le premier à l’appliquer à cette échelle. Son article a aussi été le premier à permettre la compréhension des différents sous-types de cellules cancéreuses de l’ovaire, une trouvaille qui aura une incidence sur les traitements.
Durant la pandémie de COVID-19, M. Cook a présenté deux webinaires de sept heures sur l’analyse des données de séquençage de l’ARN d’une cellule unique à plus d’une centaine de chercheurs.
« J’adore aider les chercheurs à comprendre comment utiliser les outils de la bio-informatique. Beaucoup de personnes hésitent parce qu’elles n’ont pas suivi de cours d’informatique ou de mathématiques à l’université. Or, je suis ravi d’être une source d’inspiration – je n’ai suivi aucun de ces cours! »
M. Cook a aussi partagé son amour pour les sciences avec le public en offrant des activités en salle de classe dans le cadre du programme Parlons sciences et des visites de laboratoire en collaboration avec la Fondation de l’Hôpital d’Ottawa.
Et la musique dans tout ça? Au cours des 10 dernières années, M. Cook a participé à un programme de développement artistique et a encadré des centaines de jeunes musiciens.
L’Hôpital d’Ottawa est un centre universitaire de pointe dans le domaine de la recherche et de la santé et un hôpital d’enseignement fièrement affilié à l’Université d’Ottawa. La recherche à L’Hôpital d’Ottawa est rendue possible grâce aux généreux dons de la collectivité à Fondation de l’Hôpital d’Ottawa.
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